Berangkat dari Fenomena konflik sosial yang sering muncul baik dari kelas masyarakat maupun sekolah, penulis mencoba telusuri sebuah pendidikan di SMA Negeri 1 Kutowinangun dengan pertanyaan besar, "Apakah pendidikan di sekolah tersebut sudah menyentuh persoalan bagaimana menghargai kepercayaan keagamaan dan kultur (budaya, sosial, bahasa, gender, ekonomi dan kepribadian) yang sangat kaya dengan kolektivitas masyarakat sekolah.
Penulis menggunakan metodologi penelitian dengan dasar pendekatan kualitatif yang mencakup metode penelitian, desain, subyek, teknis pengumpulan data, dan analisis data. Penelitian kualitatif dimaksudkan sebagai penelitian yang menggunakan pendekatan naturalistik untuk mencari dan menemukan pengertian atau pemahaman tentang fenomena dalam suatu latar yang berkonteks khusus diantaranya terkait proses pembelajaran PAI, pembentukan sikap toleransi dan dampak pembelajaran tersebut bagi siswa.